C.Rosa preguntó:
El Diccionario Panhispánico de Dudas de la RAE (2005) sugiere que, cuando la voz interrogante significa pregunta y cuestión dudosa, se admite su uso en ambos géneros, aunque en el nivel culto es predominante el masculino: ej. Tita sabía muy bien que todos estos interrogantes tenían que pasar [...] a formar parte del archivo de preguntas sin respuesta; No dudo que para todas las interrogantes que anteceden hay respuestas.
Mientras que, cuando significa signo de puntuación que señala la modalidad interrogativa de un enunciado, es siempre masculino. Así aparece recogida en el Diccionario de la lengua española (2001):
interrogante. 1. adj. Que interroga.// 2. m. interrogación (‖ signo) . // 3. ambiguo. Pregunta. // 4. ambiguo. Problema no aclarado, cuestión dudosa. (Depto. Lingüística, ILL)