La Comisión nacional de esta institución fue creada en 1962 por el Gobierno revolucionario
El Gobierno revolucionario creó por la Ley 1011 la Comisión Nacional de la Academia de Ciencias de Cuba el 20 de febrero de 1962. El presidente de la Comisión fue Antonio Núñez Jiménez. Contaba entre sus miembros a Juan Marinello, Fernando Ortiz, Emilio Roig de Leuchsenring y Julio Le Riverend, entre otros. Quedó integrada por diferentes institutos y departamentos, como el Instituto de Literatura y Lingüística, el Instituto de Ciencias Sociales y el Archivo Nacional de Cuba, entre otros. Al principio tuvo su sede en el Capitolio Nacional. En 1980, la Academia de Ciencias asumió, además, las funciones del Comité Estatal de Ciencia y Técnica, encargándose de la rectoría de ese sector de la sociedad cubana, y así se inició una labor de preparación de jóvenes en proceso de formación profesional.